微觀天下

III.        報告的寫法

1.      請用正式文字寫. 這不是在寫自己的部落格. 請務必正經, 每一句話都要有憑有據. 避免情緒性的文字或不確定的文字, 那種”我想大概”, “我猜”, “好好玩喔~”, “XDDDD”, 還有注音文或”科科科”的偽注音文, 都是不能使用的.

2.      請按標準規格寫. 你的報告請包含下列各項:

(A) 姓名, 學號

(B) 摘要 (不是原文摘要的中文翻譯)

(C) 背景介紹

(D) 實驗方法

(E)  實驗結果

(F)  討論

3.      請寫個人心得, 當做報告的附錄. 那種”我覺得這一篇寫得很好, 作者能想到這方法, 真是太令人敬佩了”就請留在這個部份, 不要在報告裡面. 除非你要講的是”我覺得這一篇寫得很好, 因為他用A實驗證明了什麼可能, B實驗證明了什麼可能”, 這樣的話放在報告裡還可以接受.

4.      報告長度需要在下列條件下超過兩頁.

(A) 單行間距, 對齊格線

(B) 12號字

(C)  不含圖表

5.      圖表請附在報告的文字後面. 表的說明文字請放在表的上面, 圖的說明文字請放在圖的下面.

II.        論文的選擇

1.      不要選太難的 paper. 雖然你會說過 Nature, Science 是夠份量的期刊, 但是如果你真的想挑戰一篇, 你得提早很久很久開始唸, 而且要預計會唸得很辛苦. 還有如果有看起來很奇怪的公式或統計圖表, 請先找個有經驗的人幫你看一下. 這樣的 paper 有的需要相當數學功力才可能理解. 你真的可以選一篇簡單的論文, 把它仔細地讀完讀懂. 

2.     不是所有的研究都是在分子層級的, 但是你要找到完全?有分子層級研究的論文還真是不容易. 形態和分子生物研究經常時相輔相成的; 我希望讓大家有機會看到形態相關的知識是和分生技術互補的. 但是請你不要去找一篇論文來談一個分子的形態和結構; 那是別的課程的範圍. 

3.    請千萬不要找 review paper. Review 是整合了很多研究寫出來的東西, 通常不會把一個實驗講得很清楚. 唸這樣的東西, 對自己知識的增長很有幫助, 但是不是我請大家唸論文的目的. 

4.      請提早開始唸, 這樣如果唸到一半發現真的讀不通, 或是內容不是你預期的東西, 你還有機會換一篇. 不必在大二就逼自己硬著唸懂大四的東西, 你還有很多課?修過. 請記得唸這些論文一定不會太輕鬆, 所以不要太快放棄它. No pain, no gain. 

5.     我儘量不要多加限制, 所以你要找多老的 paper 我都不反對, 只要你能下載電子檔, 只要唸得懂, 都可以. 但是請注意它的年紀; 一年以上的論文就算是舊的(有的領域淘汰得更快), 五歲以上的論文參考價值會變得很低很低, 因為會有比你這一篇新的研究成果出現, 所以你讀的這一篇東西可能有清楚的解釋, 或是根本有新證據而被推翻. 如果你找更古老的論文, 有時候會出現那時的英文跟現在的有相當程度的不同, 唸起來會卡卡的!

今年我還是打算繼續去年試過, 效果不錯的做法, 請大二修課的同學去唸一篇英文的正式學術論文. 去年有不少人在最後交出來的報告裡告訴我, 唸得真的很辛苦, 但是覺得自己學到很多東西. 早一點讓大家知道自己也有能力可以唸完一篇 paper, 面臨大三的專題研究也多一份自信.

下面是我給修課同學的一些建議, 也貼在這裡讓其它同學參考一下. 常來逛的親朋好友們也歡迎提供您寶貴的意見, 可以讓我拿回去轉給修課同學知道或修正我的做法.

I.        怎麼樣找論文

1.      Pubmed 是最多人用的方法 (http://www.pubmed.gov). 你可以在留下的框框裡(圖中的A)放入足以代表你想要東西的重要關鍵字, 如”tiger”, “wing”. 你也可以同時用好幾個字, 像“tiger wing black”, 字和字間要空格隔開. 然後結果就出來啦 (如圖)! 你可能會看到一篇由生物物理學討論黑老虎長翅膀的可能性的論文, 或是在某個國家公園老虎對一種黑翅的鳥族群數量的影響. 這樣你就可以挑一篇自己喜歡的來看了.

2.      在 Pubmed 查到的東西包括下列資訊: 標題(C), 作者們的名字(B), 期刊的名字及期數頁數和出版年(D). 另外出現的符號 E, F 表示這一篇提供的連結狀態, 按這個也和按作者一樣, 會進到各篇的摘要頁.

3.    每一篇點進去後可以看到這一篇的摘要(G), 不過有的時候會?有摘要可以看. 我通常的做法是先用標題來判斷那一些有好玩的潛力, 點進去唸它的摘要會更清楚知道內容是什麼. 看過摘要還覺得不錯的, 我就按下H符號指的連結, 視窗會被帶到出版商的網頁(如圖), 準備下載論文.

4.      下載論文的方式依出版商而有不同(有個例子在圖上). 如果這個期刊的電子版是學校圖書?有訂購的, 我們才能下載到論文. 你可以先找有 html 格式的全文來看一下, 或者也可以找下載 .pdf 格式的連結, 把檔案留下來.

4.      在看到全文後你可能會發現這一篇跟你想像的不太一樣, 不是你要的東西. 那簡單, 再找一篇就是了. 多換不同的關鍵字, 你會找到更多好玩的東西.

5.      你也可以找一個期刊, 去看看它每一期有些什麼好玩的內容, 或許在?有明確方向時你可以試試這個方法.

姆荳是我亂叫的. 今天才發現自己的動作真慢, 學校裡網路學園的三十個名額已經用完. 我被導引向另一個也在測試中的系統 Moodle. 雖說我被告知以後學校要發展的是網路學園, 但是現實狀況讓我這學期只能在 Moodle 裡玩了.

試了一下, 真是不錯玩哩!

課程內容可以依週別或主題分成不同 section. 我選了主題. 每個主題裡可以安排放入 resources 或者 activities. 可以用的 resources 包括你可以放一些文字或圖片資料, 給個連結, 放些檔案下載等. 可以用的 activities 包括 chat 線上討論, forum 討論串, choice 投票, assignment 讓同學線上交作業(一樣不能打大叉叉), workshop (這個還不會用), quizzes 小考可以有是非選擇簡答和設題庫, lessons 放各種教材和上課問題, 用 surveys 做調查和用 databases 建 database. 我還可以看到有那些學生加入了, 學生資料等等. 我還?弄好的東西可以先不要公開讓學生看到, 弄好的東西也可以設定只有修課的人才看得到(這樣教材的版權問題就不用擔心了).

不過它的功能好像遠比我目前理解的要強很多. 要弄懂, 我得先讀完一大堆的說明文件, 顯然要玩通要花上好久, 邊玩邊用吧! 這是個免費軟體, 哲先說未來轉換回網路學園系統很簡單, 資料可以整個輸出輸入就換過去了. 我其實不太清楚學校最後決定花錢買網路學園的考量, 大概怕我們這些電腦白痴弄不懂這個系統在做什麼吧? 試用後覺得不太困難, 建議大家一起來試試看!

學校裡的 Moodle 在這裡

Moodle 的說明文件

趁著年假還有一點, 又再多玩了一天. 這次往南去, 到了豐濱. 豐濱有個月洞, 在石梯坪前面一點點. 上次經過時想停下來因為時間不夠作罷, 這次不慌不亂地好好玩. 入口進來爬個小階梯上平臺, 發現平臺四週放了好多魚. 獨特的造形一看就讓人想起?多遠的拙而奇. 

月洞是個天然形成的石洞. 石洞不大, 裡面有水. 鄉公所在裡頭放了艘船. 洞裡搭船要買票的. 排了好一陣子才輪到我們上船. 排排坐好, 導遊阿姨跟我們講這個洞的故事, 在漆黑的洞裡用船上唯一的手電筒照著已經被砍斷盜採的石筍和鐘乳石. 洞裡的水還在一滴滴留下逐漸延長的證據.

月洞最大的賣點在蝙蝠. 在大洞的中央, 導遊阿姨的手電筒往上一掃, 頭頂數公尺高的地方原來睡著上百隻的臺灣葉鼻蝠. 阿姨的光很專業的掃過來掃過去, 不會停留在它們身上太久, 應該是不想太干擾它們吧? 看來這樣的固定的遊客觀光行程並?有對它們的生活造成太大的影響. 這個洞裡據說有六千隻各種蝙蝠哩! 洞的另一端其實向遠方延伸下去, 不過我們不能進去看,根據傳說一直流下去會連到長虹橋.

 借人家的圖文來用

以前大學時在生態研究室, 有一次逛到隔壁李玲玲老師研究室, 第一次看到蝙蝠的標本, 第一次驚覺原來蝙蝠真像隻長了翅膀的老鼠. 在我決意拿細菌當我論文題目, 再看到同學SF在陽明山人家屋簷下找蝙蝠, 我有點疑惑自己的決定對不對, 會不會生態才是我的最愛. 當兵受訓時, Wyker在營上捉到一隻蝙蝠, 全部近百個人裡就我們兩個是學動物的, 蝙蝠更是他的長項, 大家圍著那隻黑黑小小的哺乳動物端詳了好久好久.  

觀光摺頁上引蝙蝠學會的話, 臺灣有約八十種的哺乳類, 其中三十二種是蝙蝠. 現在有這樣的地方, 有人會好好保護原本住在這裡的小生物, 還真是件讓人高興的事. 至少以後, 我們還有時間慢慢來認識這些朋友. 朋友, 需要長長的時間去發酵的.

今天到超市買東西, 拿起一堆瓶瓶罐罐找東西, 突然指尖感到一股黏稠, 心中暗?竟然罐子裡的東西會流出來半乾地被我摸到, 這一家的包裝不可靠, 不買. 但是手上已沾染的黏稠該如何處置? 直覺的反應是搓搓弄乾就會掉啦.

這一搓, 一陣刺痛襲心!

這元兇在後來被我從組織中拉出來時才發現是一片 3 平方公釐的玻璃碎片, 先是在我兩隻搓揉的指頭上各劃了一道超過一公分長的口子, 再順著用力的勢直直衝進我的真皮層裡. 事件發生幾秒鐘後鮮血開始湧出. 我移動到櫃台, 排了兩分鐘的隊, 告訴店員哪一區架上有玻璃碎片要小心, 要了一張面紙壓住傷口止住快滴下來的血, 也避免那紅色標記滴落在人家做生意的地方. 大過年的, 看到血濺開的小花總不是件舒服的事.

其實我看到血的第一個念頭竟然是......唉......好可惜啊, 如果是在實驗室, 我不就可以去拿玻片, 做好多片人的血液抹片標本了.

職業病的症頭今年好像又變嚴重了.

 XD

到了臺北過年. 大年初一帶小朋友到科教館玩. 科教館的四樓展場主題是 biodiversity, 固定的常態展覽有點缺少活力, 但是特展的主題倒是好玩. 入口處是隻巨大的小強. 看到讓人忍不住想抄傢伙巴基一聲打下去. 原來在臺灣已知的蟑螂有六十多種, 住家裡常見的有七種. 不管是那一種, 好像都很難讓我打從心裡喜歡.

講解的義工伯伯很熱心地的告訴我們蟑螂很厲害, 我們有一個心臟, 可是蟑螂有十四個喔! 我有點想出來講話, 整個循環系統都不一樣, 這樣進行比較會誤導小朋友的! 不過念頭一轉, 我如果這樣跑出來, 大家不但會被我講的一堆東西淹沒, 也會覺得我是個討厭的怪物吧? 反正只是給小朋友知道蟑螂是個演化中的強者, 這一些講不清楚但容易接受的東西, 算是必要之惡好了. 真的有興趣要好好學的人, 進來生科系再說吧!

魚房這個名詞對 1989 年左右進入動物系的人來說, 有著相當重要的意義. 那時動物系有一棟獨立舊的小建築, 裡面隔成三個房間. 中間的一間房間養了很多的魚, 大概是因為這樣, 這棟就被叫做魚房.

魚房靠系圖的一側, 及腳踏車海

裡面的一間, 從我們這一屆開始變成大一學生活動的基地; 外面的一間堆滿了各個系隊贏回來的獎盃. 後面還有一個空間, 堆滿系上惡勢力動橄打完球又髒又臭的球衣暫停處. 魚房的屋頂是個平臺, 雖然?有樓梯可以上去, 可是這好像不是個困難, 因為我們第一次月考前就把那裡當做自己的勢力範圍, 我被當掉的中國通史就是在那裡唸的. 

後來終於魚也不養了, 從我們之後, 每年魚房就清空一間讓新生進駐, 慢慢轉變成三間都是學生活動的地方, 大一到大三一屆一間. 升上大二後重新洗牌組合, 我們換到面對女生宿舍大門的房間. 我們會坐在門前階梯上, 白天玩狗玩蜥蜴彈吉他, 晚上哈拉打屁看男朋友等女朋友從宿舍出來, 女舍關門前五分鐘離開一下讓同學有個不害羞的 kiss-bye. 我們也常會有火鍋會, 大一普生實驗的第二隻青蛙就直接從市場進到一鍋麵裡, 用舌頭把骨頭清乾淨再來玩魔獸組合. 有錢花時聚會就會外加一點酒精, 或是為了隔天的大考大家一起戰通宵, 倒了就椅子或桌上將就一下.

魚房靠女一宿舍的一惻 

有這樣一個地方, 要找學弟妹學長姐就容易了, 找不到人也可以留話. 那時找人不像現在, 既?有手機, ?有 BBS 也?有 email (你不會想到郵筒寄一封信找人吧), 所以有一個大家會出現的地方就很重要, 找不到人還可以留話. 這也是各屆經驗傳承和培養感情的地方. 所以, 一直到現在, 只要是動物系的校友, 大部份感情都很好. 我想, 跟魚房可能有相當程度的關係. 

我曾經提過生科系是不是考慮替學生爭取一個空間, 不過一方面學校空間不足, 另一方面看起來大家好像也不像我們那時需要這樣一個地方吧.

系圖是我大學生活一個重要的回憶. 系圖那一棟建築有好多間房間, 一間大的是系圖書館的閱覽室和書庫, 旁邊一間一度是系上留給大四同學使用的空間. 大四的時候同學間見面的機會已經不多了, 所以那是一個重要的維繫感情的重要房間. 而在那個時代, 想要查一篇 paper 是比現在要辛苦一點的. 現在有 pubmed. 以前想要知道有那些新 paper, 你得定期去翻翻每一份期刊, 所以我還記得動物系圖有那些期刊, 植物系有那一些, 海研所農化系分別有那一些, 而且一陣子就要到處去繞繞. 後來有了資料庫光碟可以查(Biological Abstracts, Agricola資料庫), 每幾個月更新一次, 使用前要先預約, 查到的東西自己帶磁片去下載, 然後按使用時間的長短付費. 還有另外一個方法; 那時有個農資中心會幫忙整理論文的 abstract, 還有一個我已經忘了名字的期刊也是一樣, 你可以一陣子收到一份過去一年或半年在某特定領域裡有那些新論文, 還有 abstract 可以大概知道內容. 這在那時是重要的一項工具, 那曉得現在大家變成可以每天上去敲 keyword 查全世界有多少新東西出現.

那時圖書?的管理員是王慶讓老師. 在學校的編制上, 王老師是管理員屬於行政人員, 但是當學生的我們都知道王老師是臺灣兩生爬蟲類分類的專家. 記得王老師也是動物系的老學長, 大概是畢業後系上有圖書管理的缺就留下來了. 我從實驗室學長姐那裡知道王老師很久以前曾經在系上開設過兩生爬蟲類學, 自己想修, 但是王老師已經停開這門課好多年. 就去請教過曾經在我們系上現在花教大的大學姐楊懿如老師, 楊老師建議我直接找王老師. 我就在班上找了幾位志同道合的同學, 湊足了人數一起去請王老師開課.

第一天上課就讓同學傻了眼; 王老師講的東西很多很深, 他的日式英文更是一?. 下課時我們還在討論老師剛剛講的到底是什麼意思. 老師講了快一節課, 對著圖和課本我才逐漸知道老師講的的"拉蛙藥"和"阿趴藥"是 lower jaw 和 upper jaw. 到現在我們同還是會講到那天的趣事. 聽懂了以後, 我們終於進入狀況, 才真正有機會知道老師知識的廣博. 期末考也很刺激; 那是我第一次考 open book 的考試. 老師早上發下考題, 你可以帶任何參考資料到考場, 中間可以出去吃飯上廁所休息, 唯一不能做的是找人討論答案, 然後, 你覺得寫得完整了, 把考卷交了就可以離開. 我大概是晚上八點多九點交的, 最晚的人好像是十點多.

修了課之後跟王老師比較熟了, 後來進系圖借書也會跟老師聊聊天. 事實上比較常發生的是老師看到我就聊了起來, 而且只要講到分類或青蛙就可以完全停不下來. 王老師當年受的訓練是日本式的, 要求嚴格, 講究的是你下多少功夫去練就你的本事. 記得每次拿問題去問王老師, 誰跟誰的分類怎麼樣, 他可以接下來開始調出腦子裡的資料, 告訴我那一種蛙的那一根骨頭的那裡是彎的, 可以另一種蛙不是, 如果你換一根骨頭來看, 它們兩個又很像. 這些東西, 連叫我去書上找都找不到, 好像他腦子裡存有所有兩生動物的骨骼圖, 按個鍵就自動程式比對出現答案. 這讓我見識到傳統訓練下造就的分類學家是什麼樣的. 我們今天太倚重分子層次的東西, 看起來客觀, 但是真的是對的嗎? 如果把動物交到我們手上, 我們這一代是不是有能力看到這些構造上的不同? 我們能有條理地記清楚那一大堆的知識嗎? 講到記憶, 王老師還有一件讓我到畢業都很佩服的?技. 現在的圖書?有查詢系統可以查書放那裡. 以前呢? 我們要去翻那王老師用打字機打的, 舊舊的圖書分類卡. 可是有時候看了還是不知道放書的架子在那裡啊? 抓抓頭, 只好去找王老師. 只見他想都不想就說了, 你走進去第幾個架子的後面, 上面算下來第二排的右邊就有這一本書, 或是這期刊第幾期的放在這裡, 但是後面的?有位置放所以只好塞那一個架子的那一個期刊的後面.  進去找一圈還是?看到, 王老師二話不說, 走進書庫直接走到架上拿出那一本書, 就在他說的地方, 只是我?聽對他的意思. 有時候問他那一個期刊的那一期好像找不到, 他會想一下, 說那一期送去總圖裝訂了.

現在的圖書?都有電腦系統在管, 連書和期刊都慢慢數位化. 像人類社會這些年一樣, 數位化增加了效率, 讓大家不必跑到圖書館, 半夜坐在家裡就可以查到想看的資料. 可是我總是覺得少了一點人情味, 少了一點和書和人的感情, 或許心裡也少了一點對知識的那種朝山的尊敬.

最近知道母校臺大動物所有計劃要利用以前動物系時建立的魚類標本?裡的收藏, 成立一個可以對外開放的博物館. 這件事, 勾起一堆回憶.

大 學時, 植物系有個植物標本?, 動物系則有很多動物標本. 除了展示在一號館裡放的鯨魚骨骼標本(有同學到畢業還覺得那隻是恐龍), 儒艮(好吧, 美人魚啦)骨骼標本, 跟走廊上一堆剝製標本外, 動物系還有一個重量級的魚類標本?. 這些標本應該是沈世傑老師長年工作的成果. 除了研究用之外, 我們這些修魚類學實驗課的學生也有機會用到.

未來要放標本的地方好像規劃在以前的系圖和魚房. 這兩個地方更是我大學生活時最常出?的地方. 魚房是動物系學生聚會的地方, 雖然地方很小, 但是是大家下了課發牢騷考試前K書的地方. 圖書?當然是很常去的地方啦, 除了很多的書之外, 那時要查論文是一定要到圖書?去影印期刊才有得唸的, 可?有 pubmed 或 e-journal 可以用的! 大四的那一年, 系上把系圖裡有一間房間讓大四學生使用, 所以那一年有很多回憶是在那裡發生的.

這次回臺大還特別回去看看這塊地方. 原來的標本?還在, 未來要變成標本庫. 系圖和魚房還是原來的樣子. 只是現在書都集中到總圖, 也?有以前那一群懵懵懂懂的大學生了. 系圖前的走廊, 一樣停著滿滿的腳踏車. 如果未來這個博物館真的蓋成了, 那我大學回憶的這一部份就會有專人替我保存著, 可以隨時回去看看. 不過別人到博物館看到的是展示的標本, 我看到的, 可能是曾放在那個角落裡的一個舊書架的回憶.

過年前到宜蘭繞了一下, 有個機會在林務局的冬山工作站旁的新寮瀑布步道走了一回. 帶我們來的地頭蛇 WJ 說這裡假日的遊客可多著呢, 車都沒地方停.

入口的指標就有一對可愛的小猴子. 再走進去是一條整理很好的, 鋪著木屑的步道. 路邊長滿了各種植物, 每一種都在 WJ 的資料庫裡, 眼睛看到口中就自然開始講解. 植物間還掛著大大小小好種蜘蛛, 織出來的網也各形各狀, 只是沒時間好好觀察.

路的另一邊藏著一條小溪. 終於到了個開闊的地方讓我們看見它! 溪水看起來很乾淨, 可是有著人造的水泥階, 是攔砂壩吧! 水泥結構並不連續, 每一階都斷開一小段, 不知道是自然的力量突圍成功還是後來的人終於願意放魚兒一條生路, 總之路是通了. 再往上走, 突然出現一道一公尺多的高壩, 為的是建一個淺水戲水供遊客使用. 我想, 除了像日本禿頭鯊這種會爬牆的魚以外, 沒有魚能過得了吧? 這讓路邊放的"幫魚兒回娘家"的解說牌變成最大的諷刺.

在步道上還會聽到五色鳥的咕嚕咕嚕, 和一群群玩得起勁的竹雞. 溪裡還聽得到斯文豪氏赤蛙的鳥叫聲, 只是白天很難看到它們現身. 路邊還有另一群隱身的莫氏樹蛙; 我們找到兩隻放心在路邊水鴨掌葉片上的綠衣歌者. 你看到它們了嗎?

上回在站前地下街找到一本書, 專門教你如何用紙摺出戰鬥機. 覺得很有趣, 自己從小又愛摺紙, 就買了這書. 看了一下作者的介紹, 人家現在可能也拿到美國名校的電機博士了吧? 在 Publication 裡有一本這樣的書, 用想的就覺得很酷了.

家裡小朋友生日, 正好就來做一架當生日禮物. 嘴裡說是做生日禮物, 心裡可清楚地知道有好大一部份是自己愛玩. 帆子選了架 F-16. 我做了有兩三個小時吧? 想不到所有零件都是同一種基本型組合起來的, 圖畫紙加白膠做好的成品還挺堅固的. 雖然近看就出現一堆錯誤, 遠看老實說還真不錯! 讓人忍不住拿起來緬懷上回在家樂福遇上的那一架轟隆隆越過頭頂的國防部真品.

我還只是個?長大的大男生. 我也愛玩紙飛機.

兩點. 該睡一下. 不然待會兒真的會爬不起來.

五點. 如果再睡, 睡過頭的機會很大. 不安地翻了一陣子. 五點半坐起身. 把開會可能用得到的 paper 印一印在火車上可以抱佛腳. 六點了. 今天要出門一整天, 最好先下樓把廚房收一收. 該去趕火車了. 像是慣例地, 每回在又黑又冷的早上趕火車一定會在機車的前方出現一片試探決心的雨幕. 今天還好, 只溼了一點衣服. 上了火車. 如預定進度地一路往臺北奔去.

早上的會議很簡單, 但是面對自己的老師, 可一點都不敢放鬆緊繃的神經. 我們長大了, 老師也?停著, 永遠都有值得挖的寶. 最棒的是, 好多位我的老師到現在還願意把東西教給我. 討論後得到了一些不錯的成果, 幾位 PI 對未來一兩年要走的大方向有了一些共識, 接下來就是回花蓮後如何調配人力去完成的問題了. 下午再跟老師談了一會兒, 匆匆帶著剛接到的任務離開. 出臺大之前還繞去看了一下大學四年留連的地方, 陰森森的一號?, 以前的系圖和魚房. 現在自己已經?有權利在這裡打混了. 說真的有點難過.

下一站是和以前大學系上的學妹見面. 我想要把現在系上不多但是很有趣的標本拿來好好利用, 卻不知道可以怎麼做. 學妹的專長就是這個, 給了我一些很有用的建議, 至少把我從一堆混亂中拉出來, 知道下一步大概在那一個方向了. 她還拿了一堆博物館學的書給我; 天曉得我可以從那裡生出時間來看完它們.

謝過學妹後離開, 在站前那一堆迷宮般的地下街繞了繞, 想找一些隔天尾牙要送研究生的禮物. 繞了兩圈, 腳都痠了還沒找到可以用的. 轉回出發點到捷運站裡的誠品, 果然可靠的誠品裡真的有不錯的東西. 拎了書店裡包得有些兩光的禮物, 再轉進到有咖啡可以讓老人家坐下來填肚子的阿麥. 一抬頭看到自己的高一英文老師高國華的名字, 現在就掛在對街館前路的家教班招牌上. 那一個世界, 在短暫和我有了交集之後, 又回到我完全不懂的狀態.

這家阿麥的咖啡濃度好像低了一點. 旁邊音量不小的談話是東南亞的語言. 好像真的應該花些時間認識一下這些在生活中已經常常會有交集的新文化. 不過手上的工作要先處理; 在逼研究生去想清楚要做的方向以前, 自己得先想出個大概, 先注意一下那裡會有大石頭會擋路.

時間到了, 東西收一收, 上車繼續努力. 這一班車上面的人比較少. 唸了點書, 想了點東西, 頭痛居然趁機找上了我. 想想自己今天讓身體開機已經 15 個小時, 前一天也?保養到, 就?什麼好怨的. 接著反胃也來了. 我以一陣昏睡來做消極的抵抗. 車子遲到了. 緩緩地就定位停好. 22:55. 花蓮站到了.

回到家. 累人的小孩和被累的大人早就決定暫停光榮戰役, 已經休兵了. 不知道這樣出去捕一天的魚, 是不是真的有可能比留在家裡帶一整天小孩來得疲憊. 進到書房時頭腦已呈打結狀態, 稍微找了一下今天 paper 裡看到疑問的相關資料, 去板上貼了點東西. 不知覺中又滑進了新的一天.

做了不少事, 見了不少人, 如果能有多一點體力來欣賞這一天的精彩, 會更好玩吧!

狐狸先看到了這個新聞的: 研究指出人類皮膚是 200多種細菌的家.

不少媒體把這件事當做趣聞來報導. 我很好奇地找了一下, 看到底是那裡來的資料? 國內外報導們說是出自上一期的 PNAS, 結果查了好久是發現是下週才出刊的 PNAS. 顯然記者們大家都沒看過, 抓包!

原論文的資料及連結
Gao et al. 2007. Molecular analysis of human forearm superficial skin bacterial biota. PNAS 104: 2927-2932.

我們當然不能只看到新聞記者看到的. 所以, here it comes.

這個由 Dr. MJ Blaser 領軍的 NYU 團隊找來了 6 個人 (男女各半), 分別由他們上臂皮膚採樣, 左右各一次. 他們不用做細菌培養的方式來看有什麼菌, 因為有不少菌是目前還不能用培養基培養出來的. 研究人員利用 PCR 放大所有細菌都有的一段 16S rRNA 基因. 因為這段基因在不同細菌大致相似但都有一些不同, 就像商品條碼都大致長一個樣卻又不完全像. 在把這些 DNA 序列解讀完了以後, 從受試者手臂上採來的樣本裡有那些菌就清清楚楚了.

他們讀了 1345 段序列, 除去污染和做錯的, 還有 1221 段, 大約代表了 182 種細菌. 其中的 85.3% 菌可能是可培養的已知菌種, 另外有 30 種可能為新種細菌. 平均每位受試者的樣本裡有 48 種細菌. 請注意, 每個人只有採兩次樣本, 而平均兩臂間只有 13.5% 的菌是相同的, 多採幾次可能找到的菌種會更多!

八到十個月後, 他們找回 6 人中的 4 人, 再做一次採樣. 在分析 2038 段序列後他們找到了 203 種已知菌種, 發現了 44 個疑似新種. 利用多變值統計的方法, 他們得到了這樣的結論: 如果我是受試者, 從我身上採到的菌群樣本間比不同人之間的樣本像; 我同時採的左右臂菌群樣本比不同時間的樣本像; 同時從我左臂及右臂得到的樣本差異不顯著, 但是不同時間採的就有顯著不同.

這一篇告訴我們每個人都是一個動物園(這是 ABC 講的!). 研究中發現只有 2% 的細菌是在 6 個人身上都看得到的. 有 71.4% 的菌種只出現在其中一個人的身上. 或許我們可以說這些是你身上的特有種. 每個人身上的菌大致維持穩定, 所以左右臂菌種相近, 而且可能是被你當時的生理狀況決定的. 但是隨著時間改變, 菌相也就跟著改變了.

作者有一項比較勇敢的推論. 因為大部份的菌來自五個主要的 phyla, 所以這個生態系看來是由少數穩定原住民, 加上每個人帶著的不同過客組成的. 這些原住民可能不只住在皮膚, 因為同樣的一細菌在消化道裡也是原住民, 只是各群間的相對數量有些不同. 作者也說了, 這一篇的 sample size 太小, 性別或是年紀等等其它的因子根本不能討論. 所以, 我們由這一篇論文知道了在動物身上的菌有很大的不同, 但是怎麼不同及為什麼不同就真的不清楚了. 微生物生態的這個領域, 還有很多未知的東西等著我們哪!

到花蓮買名產選擇還真多, 麻糬有曾記, 豆干白梅找德利, 慶春號的沙其馬, 豐興餅舖也要去看看, 如果找花蓮薯大多會去惠比須. 但是講到記憶中的味道, 我的記憶裡可沒有曾記哪! 我愛的還是那種扁扁的阿美麻糬, 吃以前還要狠狠一掌打得更扁再吃.

如 果是花蓮薯, 我更愛這一家的. 看包裝紙你就知道多古老, 跟我小時候一樣都?變. 有花蓮薯和花蓮芋. 特別的是他們的皮上加了點肉桂. 那才是我記憶中的味道. 你?吃過嗎? 按照片上的去找看看吧! 不用跟老闆說是我介紹的, 因為保證不會有折扣.